通常，企業(yè)可以分成三個管理層次：決策層、管理層、項目層。
項目層的主體是項目組，這是項目執(zhí)行的責任單位，是項目管理的具體實踐者。
管理層通常是項目組隸屬部門的管理者、項目管理部門（PMO）、質量控制部門、財務-計劃-采購等職能部門、掌握資源分配的資源管理者等。管理層制定項目執(zhí)行管理的規(guī)則和程序，并監(jiān)督規(guī)則和程序的執(zhí)行，解決出現(xiàn)的問題和意外情況。管理層是組織級項目管理體系的構建者，也是組織級項目管理體系的執(zhí)行者。
決策層是高層領導。對于項目型業(yè)務，項目的績效對于企業(yè)的績效有著決定性影響，因此決策層也需要時刻掌控項目進展，不斷的協(xié)調和平衡項目的資源分配，隨時做出決策。
在決策層，項目管理軟件是項目執(zhí)行透明化、掌握數(shù)據(jù)科學決策的支撐工具。在管理層，項目管理軟件是固化企業(yè)級項目管理體系的的工具。在項目層，項目管理軟件是項目經理和項目團隊執(zhí)行項目的工具。很顯然，項目層、管理層、決策層對于項目的關注角度是不同的，因而對于項目管理軟件也有完全不同的需求。而項目運行管理，這是集中在“決策層、管理層”兩個層次的管理，從而構建企業(yè)組織級項目管理的基礎框架。