新藥研發(fā)項目持續(xù)周期長，按項目的進展可明確分為一系列階段，而每一階段均創(chuàng)造了具有經(jīng)濟價值，如何對這些經(jīng)濟價值進行正確的評估復(fù)雜卻是新藥研發(fā)中一個很關(guān)鍵的環(huán)節(jié)。新藥研發(fā)的不同參與方基于自身不同的利益考量往往傾向于采用對自己有利的財務(wù)分析方法或手段，因此要想使新藥研發(fā)項目的參與方達成對新藥研發(fā)項目估計價值的共識，所采用的財務(wù)分析模型不僅需要有堅實的理論基礎(chǔ)而且必須具備較強的可操作性。綜合起來大致有四類
1，基于成本的分析法(Cost-based method)、成本分析法雖然應(yīng)用起來簡單，但一個重要缺陷就是在估值過程中沒有考慮項目未來的預(yù)期收益、市場條件、壽命以及繼續(xù)研發(fā)過程中的風險因素等。另外一個缺陷就是該方法是建立在該項目是可被復(fù)制的這樣一個假設(shè)上的，然而這對于很多的新藥研發(fā)項目而言并不適用
2， 基于市場的分析法(Market-based method)、比較法使用簡單，但一個重要的缺點就是沒有考慮研發(fā)項目的獨特性。即便是對于相似性很高的研發(fā)項目，比較法也忽視了因研發(fā)項目的進度差異及可能的市場條件的變化。
3， 預(yù)期收益分析法(Revenue-based method) ：此方法是通過預(yù)測研發(fā)項目的最終產(chǎn)品在未來可能產(chǎn)生的現(xiàn)金流并將其折算(discount)到現(xiàn)值，以此作為衡量新藥研發(fā)項目價值的一種方法。該方法主要適用于處于研發(fā)后期、項目的最終產(chǎn)品的市場前景比較明確的新藥研發(fā)項目價值的估算。
4，實物期權(quán)模型(real option);項目發(fā)展的每一個階段，項目管理者都可以根據(jù)項目發(fā)展的前期結(jié)果來制定進一步進行或者放棄項目的決定。實物期權(quán)理論被廣泛應(yīng)用于不同的R&D項目分析及投資決策中。