和一般工程企業(yè)相比，有其自身優(yōu)勢但受技術更新程度、IT項目特殊化和其資源的限制，往往使得這些因素給多項目管理的實施帶來更突出的影響。這些因素將集中表現(xiàn)在：
?。?）項目管理組織結構與企業(yè)項目運作的適應程度。
管理層批準了項目后，企業(yè)就要面臨項目管理組織結構的選擇，企業(yè)可以選擇傳統(tǒng)的職能型組織、獨立的項目團隊或某種形式的矩陣結構，但事實上是：即便結構相同的企業(yè)，項目管理方式也會存在很大的差異，歸根到底也是組織文化的差異，它對項目組織結構將產(chǎn)生直接的影響。
另外，大多數(shù)IT企業(yè)將研發(fā)、銷售和財務等專業(yè)人才分配到不同部門，這種自然的歸類所形成的工作方式、習慣、規(guī)范和價值觀將會阻礙不同職能領域的“整合”。這種潛伏的障礙給項目提出一個難題：項目管理權威在等級結構中如何確定并使之合法。
隨著項目管理方式的變化，組織生活激烈的重構，IT企業(yè)還會將項目工作中的重要部分外包出去，面臨“虛擬管理”問題。而且IT企業(yè)中關鍵性部門的經(jīng)理或對企業(yè)利潤有著直接影響的人能對另外一個并非他們直接負責的部門的運作和決策制定并實施顯著的影響，這些將明顯增加企業(yè)項目組織結構選擇的難度。
?。?）小項目大問題
日益增加的競爭使得顧客滿意程度自身得到一種溢價，客戶提出的特定需求往往需要企業(yè)迎合其定制的產(chǎn)品和服務，從而有更多的職能人員扮演著項目經(jīng)理的角色。這些項目的并行實施面臨的最大困難就是多項目管理組織環(huán)境（Multi-project management）的建立以及對支持組織戰(zhàn)略的小項目進行優(yōu)化排序的組合過程。然而令企業(yè)管理者感到困惑的是：小項目不會占用稀缺資源或資金，各項目對企業(yè)利潤貢獻價值又不大，但實行的結果往往是管理的低效率，企業(yè)的整體利潤不見增長，然而客戶的滿意度要求又不得不需要項目經(jīng)理把項目維持下去。這種小項目反映出來的大問題在IT企業(yè)中顯得尤為突出，當然這在其他行業(yè)中也是普遍存在的。
（3）多項目管理中的協(xié)調(diào)問題
在多項目環(huán)境中，企業(yè)對項目進行管理的總體目標是所有項目的共同成功而非個別項目的成功。但遺憾的是每一個項目經(jīng)理都會傾向于選擇對自己項目有利的行為，使自己項目得到高層最大的支持，從而獲取較高的資源優(yōu)先級別。一旦各個項目間的協(xié)調(diào)溝通不暢，將會出現(xiàn)以下最常見的問題：全面性的進度滑坡，一個項目的延遲造成其它項目的連鎖反應；資源利用效率低，出現(xiàn)不和諧的波峰和波谷；關鍵資源“瓶頸”使多個項目實施耽誤。
每個企業(yè)的資源有限，這是不爭的事實，所以即便是一個能力非常強的項目經(jīng)理也會使想盡辦法使項目受高層領導特別關注，這樣會比較容易爭取到最好、最多的資源，從而能謀求到項目利益的最大化。但它同時也造成了其它項目資源短缺或資金來源受阻，導致進度延遲，也極大的損害了它項目團隊和項目經(jīng)理的積極性。
另外，IT企業(yè)部門邊界的模糊很容易導致利益的沖突和部門之間相互扯皮，從而導致效率低下。較好的做法是各自找到一個利益的均衡點，但這種舊平衡的破壞和新均衡的形成一方面使組織周而復始的處于超常態(tài)的變化中，迫使項目成員在職能命令和項目命令選擇時左右為難，另一方面使項目經(jīng)理花費更多的時間精力來指揮協(xié)調(diào)各職能部門為其項目服務，甚至還會出現(xiàn)因項目經(jīng)理權限無法介入的尷尬局面。
（4）人本意識控制力度
IT企業(yè)的產(chǎn)業(yè)結構調(diào)整、軟件開發(fā)技術的升級，都需要有掌握相關知識的員工，尤其是那些掌握關鍵知識的員工在IT企業(yè)中顯得更為重要。但事實上是這些企業(yè)大多面臨著高知識員工的短缺問題，而核心員工的去留很大程度上卻決定著企業(yè)的生存和發(fā)展。歸結到多項目管理環(huán)境