企業(yè)管理者需針對本企業(yè)的管理模式進行個性化組織結(jié)構(gòu)設計，才能保證企業(yè)的正常運轉(zhuǎn)。其規(guī)范化、復雜性和集權(quán)度對組織的效率起著重要的作用。企業(yè)組織結(jié)構(gòu)是企業(yè)組織內(nèi)部各個有機構(gòu)成要素相互作用的聯(lián)系方式或形式，以求有效、合理地組織成員，為實現(xiàn)共同目標而努力。初始階段的PMO設立如下部門是比較切實有效的：配置管理、開發(fā)管理、品質(zhì)保證。
1、配置管理
從管理的角度來看，無論是度量數(shù)據(jù)、項目資料、有效實踐、培訓資料等，這些組織資產(chǎn)都需要有一個全公司共用的管理平臺來統(tǒng)一管理。另外，從開發(fā)的角度來看，無論是項目還是產(chǎn)品，也都需要配置管理工具來管理。綜合起來，就必須要有公司級統(tǒng)一的配置管理工具和配置管理活動規(guī)范為組織資產(chǎn)積累和規(guī)范化管理而奠定關(guān)鍵的基礎。沒有配置管理，其它工作無從談起。
2、開發(fā)管理
開發(fā)管理的主要任務是針對公司每條業(yè)務線來整理其開發(fā)活動規(guī)范，并督促規(guī)范的有效實施。其順序可以先從公司的核心業(yè)務著手，穩(wěn)定核心業(yè)務后再逐一擴展直至覆蓋全部業(yè)務領(lǐng)域。制定規(guī)范的過程中，需要結(jié)合該業(yè)務線的特點并與該業(yè)務線的核心成員一起來討論和制定，最終還需要該業(yè)務線的負責人確認和承諾實施。制定過程中尊重對方的意見和建議，后期實施過程中才會得到對方的有效支持，負責人的承諾也會保證出現(xiàn)推諉現(xiàn)象時得到有效解決。
3、品質(zhì)保證
根據(jù)開發(fā)管理制定的規(guī)范來監(jiān)督項目的有效實施，并通過數(shù)據(jù)的積累和分析，協(xié)助項目經(jīng)理找到制約項目實施的關(guān)鍵問題，通過3W1H的方法來分析真正原因并制定解決方案，最終消除制約因素。問題得到解決后，通過總結(jié)歸納，形成有效實踐，推廣至其它可使用的業(yè)務線領(lǐng)域。保證組織經(jīng)驗的快速分享并產(chǎn)生價值。
PMO的組織架構(gòu)直接影響著PMO的執(zhí)行效率。朋友公司是跨地域的總部-多分公司的形式。各分公司設立一個分公司負責人，負責各項工作的有效推廣和實施。在這種情況下，PMO總部需要一個與公司副總裁相同級別的人員擔任PMO的總負責人，負責與高層的協(xié)商與溝通。
規(guī)模大的分公司才需要建制齊全的部門，但是任然由各地的負責人統(tǒng)一管理，除非單個部門的人數(shù)大于5人才需要設立部門負責人。根據(jù)各分公司的規(guī)模來考慮是否在該分公司設立以上部門，規(guī)模小的分公司可以不必要分開設立，一人可以干多人的事情，提高工作效率，也減少不必要的溝通損耗。