（4）確定投資方案和項目建成后獲得的折抵建設用地指標的分配，加強指標管理。按“誰投資誰獲益”原則進行指標分配：一是由縣級財政全額投入建設的項目，獲得的指標全部由縣級國土資源部門集中管理；按非農建設項目的需要，統(tǒng)一安排使用，批準使用時收取的折抵指標成本回收款全額給財政；二是由鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）級財政或村級集體經濟組織全額投入建設的項目，獲得的指標，由縣級國土資源管理部門集中管理，該鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）或村級集體經濟組織有非農建設項目審批需要使用指標時優(yōu)先安排，若不需使用該指標或指標有多余時，可以通過經濟杠桿調劑給其它鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）或縣市重點項目的建設；三是由縣（市）級財政、鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）級財政或村級集體經濟組織共同合作投資建設的項目，獲得的指標可按投入的比例進行指標分配，或通過經濟杠桿進行分配，指標由縣級國土資源部門集中管理安排使用。
（5）加強新增耕地的管理：通過土地整理后增加的耕地面積原則上由原土地使用者使用，也可由村一級集體組織，在補足建設中占用的耕地使用權者的面積后，集中承 包給經申請的承包者經營者。

3、實施階段
在項目的實施階段主要加強工程質量的管理和工程進度的管理，及時支付工程款，同時要通過一些制度的建立和執(zhí)行來規(guī)范管理工作。
（1）工程進度管理:在招標投標時，要求施工隊伍在標書中詳細編寫出施工組織設計和保障措施，編好網絡圖，開工前落實管理人員、施工人員、機械設備。監(jiān)理可通過對這些措施的落實情況來控制施工進度。不能落實、按時開工的，監(jiān)理有權要求更換施工隊伍，新的施工隊伍可以選擇該標段招標時確定的后備中標單位。
（2）工程質量管理：由國土資源部門制訂出土地整理規(guī)劃與設計規(guī)范；土地整理工程施工與驗收規(guī)范和監(jiān)理規(guī)范。各省、各地區(qū)根據本地實際情況，按照這些規(guī)范，對項目建設進行質量控制管理。凡質量不符合要求達不到標準的，監(jiān)理有權簽發(fā)監(jiān)理通知書，要求施工單位進行整改和返工，對監(jiān)理不力的監(jiān)理單位，國土管理部門有權撤換，并追究其由此而造成的損失。
（3）資金管理：由項目法人負責控制資金投入和預算的執(zhí)行情況，項目法人應嚴格按照經評審論證后的規(guī)劃設計、投資概算進行投資控制，以避免盲目的和被動的追加投資，給投資者造成很大的壓力，資金的撥付、使用按資金使用制度執(zhí)行。
工程款的支付總的原則按合同執(zhí)行，在支付進度款時，由施工單位填寫工程結算支付申請表，按合同規(guī)定開出正式發(fā)票，并附工程量清單，經各村負責管理的人員簽字確認完成的工程量，送所在鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）負責管理的人員簽字，報監(jiān)理公司認定，監(jiān)理公司認定后出具工程款支付憑證，再報國土資源部門批準，從財務直接將工程款劃入施工單位賬號。這樣既能保證資金能及時安全到位，又能確保工程的質量和進度。

（4）制度管理：通過各種制度的建立和執(zhí)行，可以使項目管理走上一條規(guī)范的道路，因此制度的建立和執(zhí)行是很重要和必要的，在項目實施階段應建立以下制度：
①項目管理實行項目法人制。實行項目法人制可以按項目落實管理責任人，由項目法人負責控制投資進度、額度、操作起來比較方便，在實施過程中，可以較快地處理遇到的一些問題，例如：在實施過程中經常會碰到一些小的工程量的調整和變更，變更單由項目法人負責簽署后通過監(jiān)理公司直接通知工程隊，而我們目前的管理方法是行政式的，也是比較麻煩的，需逐級上報，層層鑒字，一張單子多至7、8個人簽字，少則3、4個人，時間需要1—2個星期，甚至更長。這種管理方式效益很低，往往會耽誤工期，造成機關作風拖拉。因此，實行項目法人制是很有必要的，由項目法人對該項目負完全責任，由項目法人全權處理項目建設中的實際問題。出了問題追究項目法人的責任。
②承包單選擇實行招投標

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